次氯酸鈉發生器的應用范圍由于次氯酸鈉的強氧化性能和次氯酸鈉發生器的顯著特點，使其應用范圍十分廣泛。
次氯酸鈉發生器的滅菌原理大致有如下三種作用方式：
1、次氯酸鈉較主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進步分解形成新生態氧，新生態氧的較強氧化性使菌體和上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。
根據化學測定，PPM級濃度的次氯酸鈉在水里幾乎是*水解成次氯酸，其效率高于99.99%。其過程可用化學方程式簡單表示如下：
NaClO + H2O= HClO + NaOH
HClO → HCl +[O]
2、次氯酸在、殺毒過程中，不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌體內，與菌體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。
R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O
同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，使其細胞喪失活性。
此外，次氯酸鈉還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。
還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量(0.001mg/m3)便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會較后形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。
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