次氯酸鈉發生器消殺較主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的較強氧化性使菌體和上的蛋白質等物質變性，次氯酸鈉發生器從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。
根據化學測定，PPM級濃度的次氯酸鈉發生器在水里幾乎是*水解成次氯酸，次氯酸鈉發生器其效率高于99.99%。其過程可用化學方程式簡單表示如下：
NaClO+H2O=HClO+NaOH
HClO→HCl+[O]
其次，次氯酸在、殺過程中，次氯酸鈉發生器不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌()體內，與菌()體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，次氯酸鈉發生器從而殺死病原微生物。
R-NH-R+HClO→R2NCl+H2O
同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，次氯酸鈉發生器使其細胞喪失活性而死亡。
此外，次氯酸鈉發生器還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉發生器所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。次氯酸鈉發生器這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。
還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量(0.001mg/m3)便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會較后形成鹽酸那樣，次氯酸鈉發生器對金屬管道造成嚴重腐蝕。
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